Il problema principale sarebbe dover ripartizionare la chiavetta... ti spiego.
Nel settore 0 di un qualsiasi disco rigido e, recentemente, anche nelle chiavette USB ---parlare di 'settori' non è appropriato in questo caso, ma essenzialmente si dice la stessa cosa---, viene scritto il Master Boot Record, o MBR. Nell'MBR viene memorizzata l'intera struttura fondamentale del disco, e soprattutto vengono memorizzati i codici filesystem che le partizioni possono avere. Se nell'MBR è specificato che la partizione sarà FAT32 (codice 0x0b) la partizione non potrà essere formattata con filesystem NTFS (codice 0x07). E viceversa. Però basterebbe cambiare quel numero... non riconoscerebbe la partizione ma potrebbe essere formattata come NTFS successivamente. E' sufficiente un editor esa in accesso RAW all'unità ed il gioco è fatto. Il fatto è che accessi RAW nudi e crudi si potrebbero avere solo sotto Linux.
A quanto ne so i programmi per partizionare sotto Windows fanno riferimento soltanto alle unità disco rigido, e le chiavette USB non le vedono neanche di striscio. Ecco il problema...